申告、納付、還付等

第四十二条事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者及び第十九条第一項第三号から第四号の二までの規定による届出書の提出をしている事業者を除く。第四項、第六項及び第八項において同じ。）は、その課税期間（個人事業者にあつては事業を開始した日の属する課税期間、法人にあつては三月を超えない課税期間及び新たに設立された法人のうち合併により設立されたもの以外のものの設立の日の属する課税期間を除く。第四項において同じ。）開始の日以後一月ごとに区分した各期間（最後に一月未満の期間を生じたときはその一月未満の期間とし、当該一月ごとに区分された各期間のうち最後の期間を除く。以下この項及び次項において「一月中間申告対象期間」という。）につき、当該一月中間申告対象期間の末日の翌日（当該一月中間申告対象期間が当該課税期間開始の日以後一月の期間である場合には、当該課税期間開始の日から二月を経過した日）から二月以内に、それぞれ次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、第一号に掲げる金額が四百万円以下である場合における当該一月中間申告対象期間については、この限りでない。

２前項の場合において、同項の事業者が合併（合併により法人を設立する場合を除く。以下この項において同じ。）に係る合併法人で次の各号に掲げる期間内にその合併をしたものであるときは、その法人が提出すべき当該課税期間の前項の規定による申告書については、同項第一号に掲げる金額は、同号の規定にかかわらず、同号の規定により計算した金額に相当する金額に当該各号に定める金額を加算した金額とする。

３第一項の場合において、同項の事業者が合併（合併により法人を設立する場合に限る。）に係る合併法人であるときは、その法人が提出すべきその設立後最初の課税期間の同項の規定による申告書については、同項第一号に掲げる金額は、同号の規定にかかわらず、各被合併法人の確定消費税額をその計算の基礎となつたその被合併法人の課税期間の月数で除して計算した金額の合計額とする。

４事業者は、その課税期間開始の日以後三月ごとに区分した各期間（最後に三月未満の期間を生じたときはその三月未満の期間とし、当該三月ごとに区分された各期間のうち最後の期間を除く。以下この項において「三月中間申告対象期間」という。）につき、当該三月中間申告対象期間の末日の翌日から二月以内に、それぞれ次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、第一号に掲げる金額が百万円以下である場合又は当該三月中間申告対象期間が第一項の規定による申告書を提出すべき同項に規定する一月中間申告対象期間を含む期間である場合における当該三月中間申告対象期間については、この限りでない。

５第二項及び第三項の規定は、前項の規定の適用がある場合について準用する。この場合において、第二項中「同項の事業者」とあるのは「第四項の事業者」と、「前項の規定」とあるのは「第四項の規定」と、同項第一号中「一月中間申告対象期間に係る確定日」とあるのは「三月中間申告対象期間の末日」と、「割合」とあるのは「割合に三を乗じた数」と、同項第二号中「一月中間申告対象期間」とあるのは「三月中間申告対象期間」と、「除して」とあるのは「除し、これにその合併の日から当該三月中間申告対象期間の末日までの期間の月数（当該月数が三を超えるときは、三）を乗じて」と、第三項中「同項の事業者」とあるのは「第四項の事業者」と、「除して」とあるのは「除し、これに三を乗じて」と読み替えるものとする。

６事業者は、その課税期間（個人事業者にあつては事業を開始した日の属する課税期間、法人にあつては六月を超えない課税期間及び新たに設立された法人のうち合併により設立されたもの以外のものの設立の日の属する課税期間を除く。）開始の日以後六月の期間（以下この項、第八項、第十項及び第十一項において「六月中間申告対象期間」という。）につき、当該六月中間申告対象期間の末日の翌日から二月以内に、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、第一号に掲げる金額が二十四万円以下である場合又は当該六月中間申告対象期間が第一項若しくは第四項の規定による申告書を提出すべきこれらの規定に規定する一月中間申告対象期間若しくは三月中間申告対象期間を含む期間である場合における当該六月中間申告対象期間については、この限りでない。

７第二項及び第三項の規定は、前項の規定の適用がある場合について準用する。この場合において、第二項中「同項の事業者」とあるのは「第六項の事業者」と、「前項の規定」とあるのは「第六項の規定」と、同項第一号中「一月中間申告対象期間に係る確定日」とあるのは「六月中間申告対象期間の末日」と、「三月」とあるのは「六月」と、「割合」とあるのは「割合に六を乗じた数」と、同項第二号中「一月中間申告対象期間」とあるのは「六月中間申告対象期間」と、「除して」とあるのは「除し、これにその合併の日から当該六月中間申告対象期間の末日までの期間の月数を乗じて」と、第三項中「同項の事業者」とあるのは「第六項の事業者」と、「除して」とあるのは「除し、これに六を乗じて」と読み替えるものとする。

８第六項第一号に掲げる金額が二十四万円以下であることによりその六月中間申告対象期間につき、同項の規定による申告書（以下この項及び第十一項において「六月中間申告書」という。）を提出することを要しない事業者が、当該六月中間申告書を提出する旨を記載した届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出した場合には、当該届出書の提出をした事業者の当該提出をした日以後にその末日が最初に到来する六月中間申告対象期間以後の六月中間申告対象期間（同号に掲げる金額が二十四万円以下であるものに限る。第十一項において同じ。）については、第六項ただし書の規定は、適用しない。

９前項の規定による届出書を提出した事業者は、同項の規定の適用を受けることをやめようとするとき又は事業を廃止したときは、その旨を記載した届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない。

１０前項の規定による届出書の提出があつたときは、その提出があつた日以後にその末日が最初に到来する六月中間申告対象期間以後の六月中間申告対象期間については、第八項の規定による届出は、その効力を失う。

１１第八項の規定による届出書の提出をした事業者が、当該提出をした日以後にその末日が最初に到来する六月中間申告対象期間以後の六月中間申告対象期間に係る六月中間申告書をその提出期限までに提出しなかつた場合には、当該事業者は第九項の規定による届出書を当該六月中間申告対象期間の末日にその納税地を所轄する税務署長に提出したものとみなす。

１２第一項から第七項までの月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。

第四十二条の二国税通則法第十一条（災害等による期限の延長）の規定による申告に関する期限の延長により、中間申告書（前条第一項、第四項又は第六項の規定による申告書をいう。以下この章において同じ。）の提出期限と当該中間申告書に係る課税期間の第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限とが同一の日となる場合は、前条第一項本文、第四項本文又は第六項本文の規定にかかわらず、当該中間申告書を提出することを要しない。

第四十三条中間申告書を提出すべき事業者が第四十二条第一項に規定する一月中間申告対象期間、同条第四項に規定する三月中間申告対象期間又は同条第六項に規定する六月中間申告対象期間（以下この項において「中間申告対象期間」という。）を一課税期間とみなして当該中間申告対象期間における課税資産の譲渡等に係る課税標準である金額（当該中間申告対象期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等（第七条第一項、第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に係る課税標準である金額をいう。以下この項において同じ。）の合計額、特定課税仕入れに係る課税標準である金額（当該中間申告対象期間中に国内において行つた特定課税仕入れに係る課税標準である金額をいう。以下この項において同じ。）の合計額及び第四十五条第一項第二号から第四号までに掲げる金額を計算した場合には、その事業者は、その提出する中間申告書に、第四十二条第一項各号、第四項各号又は第六項各号に掲げる事項に代えて、次に掲げる事項を記載することができる。

２前項に規定する中間申告対象期間における課税資産の譲渡等に係る課税標準である金額の合計額及び特定課税仕入れに係る課税標準である金額の合計額並びに同項第二号に掲げる消費税額及び同項第三号に掲げる消費税額の合計額の計算については、第十六条第三項中「第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書に係る国税通則法第十八条第二項（期限後申告）に規定する期限後申告書を含む」とあるのは「中間申告書（第四十二条第一項、第四項又は第六項の規定による申告書で第四十三条第一項各号に掲げる事項を記載したものをいう」と、第十七条第四項及び第十八条第二項中「第四十五条第一項の規定による申告書」とあるのは「中間申告書」とする。

３第一項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する事業者が、同項に規定する中間申告対象期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等につき交付した適格請求書（第五十七条の四第一項に規定する適格請求書をいう。第四十五条第五項において同じ。）又は適格簡易請求書（第五十七条の四第二項に規定する適格簡易請求書をいう。第四十五条第五項において同じ。）の写しを第五十七条の四第六項の規定により保存している場合（同項の規定により同項の電磁的記録を保存している場合を含む。）には、当該課税資産の譲渡等に係る第一項第二号に掲げる税率の異なるごとに区分した課税標準額に対する消費税額については、同号の規定にかかわらず、第四十五条第五項の規定の例により計算した金額とすることができる。

４第一項各号に掲げる事項を記載した中間申告書には、財務省令で定めるところにより、同項に規定する中間申告対象期間中の資産の譲渡等の対価の額及び課税仕入れ等の税額（第三十条第二項に規定する課税仕入れ等の税額をいう。以下この章において同じ。）の明細その他の事項を記載した書類を添付しなければならない。

第四十四条中間申告書を提出すべき事業者がその中間申告書をその提出期限までに提出しなかつた場合（第四十二条第十一項の規定の適用を受ける場合を除く。）には、その事業者については、その提出期限において、税務署長に同条第一項各号、第四項各号又は第六項各号に掲げる事項を記載した中間申告書の提出があつたものとみなす。

第四十五条事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）は、課税期間ごとに、当該課税期間の末日の翌日から二月以内に、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、国内における課税資産の譲渡等（第七条第一項、第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）及び特定課税仕入れがなく、かつ、第四号に掲げる消費税額がない課税期間については、この限りでない。

２前項の規定による申告書を提出すべき個人事業者がその課税期間の末日の翌日から当該申告書の提出期限までの間に当該申告書を提出しないで死亡した場合には、その相続人は、政令で定めるところにより、その相続の開始があつたことを知つた日の翌日から四月を経過した日の前日までに、税務署長に当該申告書を提出しなければならない。

３個人事業者が課税期間の中途において死亡した場合において、その者の当該課税期間分の消費税について第一項の規定による申告書を提出しなければならない場合に該当するときは、その相続人は、政令で定めるところにより、その相続の開始があつたことを知つた日の翌日から四月を経過した日の前日までに、税務署長に当該消費税について当該申告書を提出しなければならない。

４清算中の法人につきその残余財産が確定した場合には、当該法人の当該残余財産の確定の日の属する課税期間に係る第一項の規定の適用については、同項中「二月以内」とあるのは、「一月以内（当該翌日から一月以内に残余財産の最後の分配又は引渡しが行われる場合には、その行われる日の前日まで）」とする。

５第一項の規定による申告書を提出する事業者が、当該申告書に係る課税期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等につき交付した適格請求書又は適格簡易請求書の写しを第五十七条の四第六項の規定により保存している場合（同項の規定により同項の電磁的記録を保存している場合を含む。）には、当該課税資産の譲渡等に係る第一項第二号に掲げる税率の異なるごとに区分した課税標準額に対する消費税額については、同号の規定にかかわらず、当該適格請求書に記載した同条第一項第五号に掲げる消費税額等その他の政令で定める金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額とすることができる。ただし、第十六条第一項、第十七条第一項若しくは第二項本文又は第十八条第一項の規定その他政令で定める規定の適用を受ける課税資産の譲渡等については、この限りでない。

６第一項の規定による申告書には、財務省令で定めるところにより、当該課税期間中の資産の譲渡等の対価の額及び課税仕入れ等の税額の明細その他の事項を記載した書類を添付しなければならない。

第四十五条の二前条第一項の規定による申告書（以下この項及び第四項において「消費税申告書」という。）を提出すべき法人（法人税法第七十五条の二第一項（確定申告書の提出期限の延長の特例）（同法第百四十四条の八（確定申告書の提出期限の延長の特例）において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定の適用を受ける法人（第六十条第八項の規定の適用により消費税申告書の提出期限が延長される法人を除く。）に限る。）が、消費税申告書の提出期限を延長する旨を記載した届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出した場合には、その提出をした日の属する事業年度（同法第二条第十二号の七の二（定義）に規定する通算法人の場合にあつては、その提出をした日が事業年度終了の日の翌日から四十五日以内である場合のその事業年度を含む。）以後の各事業年度（同法第七十五条の二第一項の規定により同法第七十四条第一項（確定申告）又は第百四十四条の六第一項若しくは第二項（確定申告）の規定による申告書の提出期限が延長されている事業年度（同法第七十五条の二第九項（同法第百四十四条の八において準用する場合を含む。）の規定により同法第七十五条の二第一項の規定の適用がないものとみなされる事業年度を含む。）に限る。）終了の日の属する課税期間に係る消費税申告書の提出期限については、前条第一項の規定にかかわらず、当該課税期間の末日の翌日から三月以内とする。

２前項の規定による届出書を提出した法人は、同項の規定の適用を受けることをやめようとするとき、又は事業を廃止したときは、その旨を記載した届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない。

３前項の規定による届出書の提出があつたときは、その提出があつた日の属する事業年度終了の日の属する課税期間以後の事業年度終了の日の属する課税期間については、第一項の規定による届出は、その効力を失う。

４第一項の規定の適用を受ける法人は、同項の規定の適用を受ける消費税申告書に係る課税期間の消費税の額に、当該課税期間終了の日の翌日以後二月を経過した日から同項の規定により延長された提出期限までの期間の日数に応じ、年七・三パーセントの割合を乗じて計算した金額に相当する利子税をその計算の基礎となる消費税に併せて納付しなければならない。

５第一項の規定の適用を受けている法人について同項の規定の適用を受ける課税期間の末日の翌日から二月を経過した日前に災害その他やむを得ない理由が生じた場合には、当該課税期間に限り、同項の規定の適用がないものとみなして、国税通則法第十一条（災害等による期限の延長）の規定を適用することができる。

６第一項の規定の適用がある場合における第三十条第七項に規定する帳簿又は請求書等の保存期間その他第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第四十六条事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）は、その課税期間分の消費税につき第四十五条第一項第五号又は第七号に掲げる金額がある場合には、同項ただし書の規定により申告書を提出すべき義務がない場合においても、第五十二条第一項又は第五十三条第一項の規定による還付を受けるため、第四十五条第一項各号に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出することができる。

２個人事業者が課税期間の中途において死亡した場合において、その者の当該課税期間分の消費税について前項の規定による申告書を提出することができる場合に該当するときは、その相続人は、政令で定めるところにより、税務署長に当該申告書を提出することができる。

３第一項の規定による申告書には、財務省令で定めるところにより、当該課税期間中の資産の譲渡等の対価の額及び課税仕入れ等の税額の明細その他の事項を記載した書類を添付しなければならない。

第四十六条の二特定法人である事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）は、第四十二条、第四十三条、第四十五条若しくは前条又は国税通則法第十八条（期限後申告）若しくは第十九条（修正申告）の規定により、中間申告書若しくは確定申告書等若しくはこれらの申告書に係る修正申告書（同条第三項に規定する修正申告書をいう。第五十六条において同じ。）（以下この項及び第三項並びに次条第一項において「納税申告書等」という。）により行うこととされ、又はこれにこの法律（これに基づく命令を含む。）若しくは国税通則法第十八条第三項若しくは第十九条第四項の規定により納税申告書等に添付すべきものとされている書類（以下この項及び第三項において「添付書類」という。）を添付して行うこととされている課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れに対する消費税の申告については、これらの規定にかかわらず、財務省令で定めるところにより、納税申告書等に記載すべきものとされている事項（第三項において「申告書記載事項」という。）又は添付書類に記載すべきものとされている事項（第三項において「添付書類記載事項」という。）を、財務省令で定めるところによりあらかじめ税務署長に届け出て行う電子情報処理組織（国税庁の使用に係る電子計算機（入出力装置を含む。以下この項及び第四項において同じ。）とその申告をする事業者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織をいう。次条第一項及び第六項において同じ。）を使用する方法として財務省令で定める方法により提供することにより、行わなければならない。

２前項に規定する特定法人とは、次に掲げる事業者をいう。

３第一項の規定により行われた同項の申告については、申告書記載事項が記載された納税申告書等により、又はこれに添付書類記載事項が記載された添付書類を添付して行われたものとみなして、この法律（これに基づく命令を含む。）及び国税通則法（第百二十四条（書類提出者の氏名、住所及び番号の記載）を除く。）の規定その他政令で定める法令の規定を適用する。

４第一項の規定により行われた同項の申告は、同項の国税庁の使用に係る電子計算機に備えられたファイルへの記録がされた時に税務署長に到達したものとみなす。

５第一項の場合において、国税通則法第百二十四条の規定による名称及び法人番号（行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（平成二十五年法律第二十七号）第二条第十六項（定義）に規定する法人番号をいう。）の記載については、第一項の事業者は、国税通則法第百二十四条の規定にかかわらず、当該記載に代えて、財務省令で定めるところにより、名称を明らかにする措置を講じなければならない。

第四十六条の三前条第一項の事業者が、電気通信回線の故障、災害その他の理由により電子情報処理組織を使用することが困難であると認められる場合で、かつ、同項の規定を適用しないで納税申告書等を提出することができると認められる場合において、同項の規定を適用しないで納税申告書等を提出することについてその納税地を所轄する税務署長の承認を受けたときは、当該税務署長が指定する期間内に行う同項の申告については、同条の規定は、適用しない。

２前項の承認を受けようとする事業者は、同項の規定の適用を受けることが必要となつた事情、同項の規定による指定を受けようとする期間その他財務省令で定める事項を記載した申請書に財務省令で定める書類を添付して、当該期間の開始の日の十五日前まで（同項に規定する理由が生じた日が第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限（第四十六条第一項の規定による申告書にあつては、当該申告書が第四十五条第一項の規定による申告書であるとした場合の提出期限）の十五日前の日以後である場合において、当該提出期限が当該期間内の日であるときは、当該開始の日まで）に、これをその納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない。

３税務署長は、前項の申請書の提出があつた場合において、その申請に係る同項の事情が相当でないと認めるときは、その申請を却下することができる。

４税務署長は、第二項の申請書の提出があつた場合において、その申請につき承認又は却下の処分をするときは、その申請をした事業者に対し、書面によりその旨を通知する。

５第二項の申請書の提出があつた場合において、当該申請書に記載した第一項の規定による指定を受けようとする期間の開始の日までに承認又は却下の処分がなかつたときは、その日においてその承認があつたものと、当該期間を同項の期間として同項の規定による指定があつたものと、それぞれみなす。

６税務署長は、第一項の規定の適用を受けている事業者につき、電子情報処理組織を使用することが困難でなくなつたと認める場合には、同項の承認を取り消すことができる。この場合において、その取消しの処分があつたときは、その処分のあつた日の翌日以後の期間につき、その処分の効果が生ずるものとする。

７税務署長は、前項の処分をするときは、その処分に係る事業者に対し、書面によりその旨を通知する。

８第一項の規定の適用を受けている事業者は、前条第一項の申告につき第一項の規定の適用を受けることをやめようとするときは、その旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない。この場合において、その届出書の提出があつたときは、その提出があつた日の翌日以後の期間については、同項の承認の処分は、その効力を失うものとする。

第四十七条関税法第六条の二第一項第一号（税額の確定の方式）に規定する申告納税方式が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者は、他の法律又は条約の規定により当該引取りに係る消費税を免除されるべき場合を除き、次に掲げる事項を記載した申告書を税関長に提出しなければならない。

２関税法第六条の二第一項第二号に規定する賦課課税方式が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者は、他の法律又は条約の規定により当該引取りに係る消費税を免除されるべき場合を除き、その引き取る課税貨物に係る前項第一号に掲げる事項その他財務省令で定める事項を記載した申告書を税関長に提出しなければならない。

３第一項に規定する者がその引取りに係る課税貨物につき関税法第七条の二第二項（特例申告）に規定する特例申告を行う場合には、当該課税貨物に係る第一項の申告書の提出期限は、当該課税貨物の引取りの日の属する月の翌月末日とする。

第四十八条中間申告書を提出した者は、当該申告書に記載した第四十二条第一項第一号、第四項第一号又は第六項第一号に掲げる金額（第四十三条第一項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出した場合には、同項第四号に掲げる金額）があるときは、当該申告書の提出期限までに、当該金額に相当する消費税を国に納付しなければならない。

第四十九条第四十五条第一項の規定による申告書を提出した者は、当該申告書に記載した同項第四号に掲げる消費税額（同項第六号の規定に該当する場合には、同号に掲げる消費税額）があるときは、当該申告書の提出期限までに、当該消費税額に相当する消費税を国に納付しなければならない。

第五十条第四十七条第一項の規定による申告書を提出した者は、当該申告に係る課税貨物を保税地域から引き取る時（同条第三項の場合にあつては、当該申告書の提出期限）までに、当該申告書に記載した同条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額に相当する消費税を国に納付しなければならない。

２保税地域から引き取られる第四十七条第二項に規定する課税貨物に係る消費税は、同項の税関長が当該引取りの際徴収する。

第五十一条関税法第六条の二第一項第一号（税額の確定の方式）に規定する申告納税方式（次項において「申告納税方式」という。）が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者（当該課税貨物につき特例申告書を提出する者（第五十八条において「特例申告者」という。）を除く。次項において同じ。）が、第四十七条第一項の規定による申告書を提出した場合において、当該申告書に記載した同項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、その延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出し、かつ、当該消費税額の合計額の全部又は一部に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、当該消費税額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を三月以内に限り延長することができる。

２申告納税方式が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者が、その月（以下この項において「特定月」という。）において課税貨物を保税地域から引き取るときに課されるべき消費税の納期限に関し、特定月の前月末日までにその延長を受けたい旨の申請書を当該課税貨物に係る第四十七条第一項の規定による申告書を提出する税関長に提出し、かつ、当該課税貨物に係る消費税額の合計額に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、特定月においてその者が引き取る課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、特定月における消費税の額の累計額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を特定月の末日の翌日から三月以内に限り延長することができる。

３特例輸入者（関税法第七条の二第一項（申告の特例）に規定する特例輸入者をいう。以下この項において同じ。）が、特例申告書をその提出期限までに提出した場合において、当該特例申告書に記載した第四十七条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、当該特例申告書の提出期限までにその延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、その納期限を二月以内に限り延長することができる。この場合において、当該税関長は、消費税の保全のために必要があると認めるときは、政令で定めるところにより、当該特例輸入者に対し、当該特例申告書に記載した消費税額の全部又は一部に相当する額の担保の提供を命ずることができる。

４関税法第七条の二第一項に規定する特例委託輸入者が、特例申告書をその提出期限までに提出した場合において、当該特例申告書に記載した第四十七条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、当該特例申告書の提出期限までにその延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出し、かつ、当該消費税額の合計額の全部又は一部に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、当該消費税額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を二月以内に限り延長することができる。

第五十二条第四十五条第一項又は第四十六条第一項の規定による申告書の提出があつた場合において、これらの申告書に第四十五条第一項第五号に掲げる不足額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した者に対し、当該不足額に相当する消費税を還付する。

２前項の規定による還付金について還付加算金（国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）に規定する還付加算金をいう。以下この章において同じ。）を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、当該還付に係る申告書が次の各号に掲げる申告書のいずれに該当するかに応じ、当該各号に定める期限又は日の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当（同法第五十七条第一項（充当）の規定による充当をいう。以下この章において同じ。）をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

３第一項の規定による還付金を同項に規定する申告書に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。

４前二項に定めるもののほか、第一項の還付の手続、同項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第五十三条中間申告書を提出した者からその中間申告書に係る課税期間の第四十五条第一項又は第四十六条第一項の規定による申告書の提出があつた場合において、これらの申告書に第四十五条第一項第七号に掲げる不足額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した者に対し、当該不足額に相当する中間納付額を還付する。

２税務署長は、前項の規定による還付金の還付をする場合において、同項の中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、同項の規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。

３第一項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。ただし、当該還付に係る申告書が次の各号に掲げる申告書である場合には、当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。

４第一項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。

５第二項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。

６前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の還付の手続、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項又は第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第五十四条確定申告書等に係る消費税につき国税通則法第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正（当該消費税についての更正の請求（同法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求をいう。以下この章において同じ。）に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び次項において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第四十五条第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その確定申告書等を提出した者に対し、その増加した部分の金額に相当する消費税額を還付する。

２前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、前項の更正等の日の翌日以後一月を経過した日（当該更正等が更正の請求に基づく更正（同法第二十四条又は第二十六条の規定による更正をいう。以下この章において同じ。）である場合及び更正の請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決である場合には、その更正の請求の日の翌日以後三月を経過した日と当該更正等の日の翌日以後一月を経過した日とのいずれか早い日）からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

３第一項の規定による還付金を同項の確定申告書等に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。

４前二項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第五十五条中間申告書を提出した者のその中間申告書に係る課税期間の消費税につき国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定があつた場合において、その決定に係る第四十五条第一項第七号に掲げる金額があるときは、税務署長は、その者に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。

２中間申告書を提出した者のその中間申告書に係る課税期間の消費税につき更正（当該消費税についての処分等（更正の請求に対する処分又は国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び第四項第二号において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第四十五条第一項第七号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その者に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。

３税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。

４第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項又は第二項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日。第二号ロにおいて「充当日」という。）までの期間とする。ただし、次の各号に掲げる還付金の区分に応じ当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。

５第一項又は第二項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除する。

６第三項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。

７前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第五十六条確定申告書等に記載すべき第四十五条第一項第一号から第七号までに掲げる金額につき、修正申告書を提出し、又は更正若しくは決定（国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定をいう。以下この条において同じ。）を受けた者は、その修正申告書の提出又は更正若しくは決定に伴い次の各号に掲げる場合に該当することとなるときは、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定の通知を受けた日の翌日から二月以内に限り、税務署長に対し、当該各号に規定する金額につき更正の請求をすることができる。この場合においては、同法第二十三条第三項（更正の請求）に規定する更正請求書には、同項に規定する事項のほか、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定の通知を受けた日を記載しなければならない。

２第四十七条第一項の規定による申告書に記載すべき同項第一号又は第二号に掲げる金額につき、修正申告書を提出し、若しくは更正若しくは決定を受けた者又は同条第二項に規定する課税貨物に係る消費税につき国税通則法第三十二条第一項（賦課決定）に規定する決定（以下この項において「賦課決定」という。）若しくは同条第二項に規定する変更する決定（以下この項において「変更決定」という。）を受けた者は、その修正申告書の提出若しくは更正若しくは決定又は賦課決定若しくは変更決定に伴い次の各号に掲げる場合に該当することとなるときは、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定若しくは賦課決定若しくは変更決定（以下この項において「更正決定等」という。）の通知を受けた日の翌日から二月以内に限り、税務署長に対し、当該各号に規定する金額につき更正の請求をすることができる。この場合においては、同法第二十三条第三項に規定する更正請求書には、同項に規定する事項のほか、その修正申告書を提出した日又はその更正決定等の通知を受けた日を記載しなければならない。